Author: Lin Fucheng
Language: Chinese
ISBN/ISSN: 9787030290106
Published on: 2010-01
Soft Cover
真菌是真核生物的重要研究模式，广泛应用于真核细胞生命活动机制的基础研究中。真菌也是生态系统中的重要组成部分，还是重要的生物资源，在医药、轻工、环保、食品、农业等领域应用广泛，开发前景广阔。本书在总结近年来真菌分子细胞生物学研究的最新成果基础上，着重介绍真菌分子细胞生物学研究中的常用技术，有针对性地提出了真菌分子细胞生物学研究的技术原理和方案。全书分为14章，主要内容包括：真菌基因型的鉴定与特征分析、核酸的分析、真菌遗传转化、功能基因组学、生化与免疫方法、分子系统学及生物信息学常用软件等。本书可以作为高等院校真菌学相关课程的教材，也可以作为高等院校和科研院所真菌研究者在分子细胞生物学研究方面的参考书。
前言
第一章 丝状真菌基因型特征的鉴定
1 概述
2 基因组变异的主要特征
3 确定研究目的
4 用于基因组分析的技术
5 假设
6 选择最佳策略
方案1 链格孢真菌的RAPD分析
7 AFLP技术的原理及其应用
方案2 丝状真菌的AFLP分析
方案3 丝状真菌的cDNA-AFLP
8 变性梯度凝胶电泳(DGGE)
方案4 土壤中真菌的DGGE分析
9 重要的数据库和互联网资源
第二章 丝状真菌核酸的提取与分析
1 概述
2 基因组DNA的分离
方案1 CTAB法提取真菌基因组DNA
方案2 氯化苄(benzyl chloride)法提取真菌基因组DNA
方案3 丝状真菌总DNA的分离
方案4 固体平板上菌小量DNA的块速提取(以稻瘟病菌为例)
方案5 真菌小量DNA的快速提取
3 丝状真菌RNA的提取
4 RNA的操作
方案6 Trizol法提取丝状真菌总RNA
方案7 丝状真菌总RNA的提取
方案8 真菌总RNA的小量提取(Trizol法)
第三章 丝状真菌的DNA转化
1 概述
2 选择性标记和转化载体
3 待转化DNA的质量
4 DNA的进入
5 REMI转化
方案1 稻瘟病菌(Maggna porthe grisea)原生质体的制备及转化
方案2 毛壳菌原生质体的制备
6 真菌ATMT转化
方案3 感受态农杆菌细胞的制备与转化
方案4 利用农杆菌转化真菌
7 电击转化
方案5 Tapesia yallundae的电击转化
8 转化DNA的命运
方案6 丝状真菌中的质粒拯救
方案7 农杆菌电击转化感受态的制备与转化
第四章 丝状真菌的遗传分析
1 子囊菌遗传分析
方案1 对真菌孢子进行化学诱变
方案2 对真菌的孢子进行紫外诱变
方案3 营养缺陷型突变体的筛选与鉴定
方案4 温度敏感型突变群体的制备
方案5 单孢分离
方案6 构巢曲霉的八分体分析
方案7 通过准性重配确定里连锁群
方案8 稻瘟病菌温度敏感型突变体的筛选
2 担子菌遗传分析
方案9 鬼伞菌在人工培养条件子实体和担孢子的产生
方案10 通过CHEF凝胶电泳分离C.cinereus的染色体
方案11 C.cinereus的四分体分离
方案12 C.cinereus粉孢子的紫外诱变
方案13 利用NT、G(MNNG)/EMS对担子菌进行诱变
方案14 平板印迹
附：担子菌研究中的标准培养基
第五章 丝状真菌的基因组分析
1 概述
2 遗传图谱
方案1 克隆固定大小的基因组DNA作为RFLP探针
方案2 RAPD操作要点
3 电泳核型分析
方案3 琼脂糖栓中制备完整染色体DNA
方案4 琼脂糖栓电泳
方案5 钳位均匀电场电泳
4 物理图谱
方案6 染色体DNA的RecA-AC
方案7 准备BAC载体DNA
方案8 准备BAC插入DNA
方案9 BAC插入DNA大小的选择，恢复和克隆
方案10 将文库克隆排列到杂交膜上
方案11 收集克隆文库
5 筛选文库
方案12 Southern杂交分析混合文库和克隆阵列文库
6 染色体步移(chromosome walking)
方案13 BAC或者黏粒末端RNA探针的合成
方案14 根据插入片段末端序列制备的探针
7 真菌基因组分析相关数字资源
第六章 真菌发育过程的细胞学分析
1 概述
2 丝状真菌生长的测定
方案1 菌丝顶端生长的测定
方案2 菌落生长速度的测定
方案3 直线生长速率的测定
3 丝状真菌孢子的萌发
方案4 真菌孢子的萌发测定
4 稻瘟病菌细胞生物学分析
方案5 稻瘟病菌产孢培养、孢子收集和附着胞诱导培养
方案6 稻瘟病菌侵染过程的组织病理学观察
方案7 稻瘟病菌孢子、附着胞内脂质体、糖原的观察
方案8 细胞自噬现象的观察
方案9 酒精氧化酶活性测定
方案10 冷冻替代用于电子显微镜观察
方案11 细胞核，细胞壁和隔膜的染色
第七章 丝状真菌的信号传导
1 概述
2 蛋白抽提
方案1 构巢曲霉(Aspergillus nidulans)蛋白激酶的抽提
3 蛋白免疫沉淀反应
方案2 NIMA在大肠埃希菌(E.coli)中的表达和His-tag亲和纯化
方案3 蛋白质免疫沉淀(IP)
4 凝胶阻滞试验(gel-shift assay)检测蛋白的磷酸化状态
方案4 NIMA磷酸化状态的凝胶忸滞试验
5 蛋白激酶的底物特异性分析
方案5 NIMA激酶分析
第八章 丝状真菌的细胞生物学技术
1 电子显微镜工作原理及其应用
2 扫描电子显微镜样品制备的原理与方法
3 透射电子显微镜样品制备的原理与方法
4 电镜细胞化学技术
5 免疫组化技术
第九章 丝状真菌的生化研究方法
1 概述
2 抽提物的准备
方案1 菌丝的摇瓶培养
方案2 疏水蛋白的分离
3 细胞组分的准备
方案3 细胞膜的分离
方案4 脉孢霉的液泡分离
方案5 线粒体的分离
方案6 细胞核的分离
方案7 细胞核的抽提
方案8 微体的分离
4 蛋白分析
方案9 孢子和菌丝的小量的蛋白质抽提
方案10 从固体培养物中分离胞外酶(N.crassa的脂肪酶)
方案11 从新鲜菌丝分离细胞内蛋白，适用于蛋白水解敏感蛋白的方法
方案12 从新鲜菌丝分离细胞内蛋白
方案13 从冻干菌丝分离胞内蛋白
方案14 酶学分析的代谢物抽提
第十章 真菌研究中的免疫学方法
1 概述
2 免疫原分子的特性
方案1 免疫抗原的准备
3 制备多克隆抗血清
方案2 用辛酸和硫酸铵沉淀法纯化抗体
方案3 用ELISA测定pAb的滴度和检验上清液中的mAb
4 制备单克隆抗体
方案4 通过B细胞-骨髓瘤细胞融合制取鼠科杂种瘤细胞
方案5 荧光免疫检测
方案6 限制性稀释法亚克隆
方案7 冷冻法长期储存的杂交瘤细胞
方案8 应用抗原介导ELISA鉴定Ig类别/亚类
5 蛋白质和糖类抗原决定簇的特性
方案9 通过化学和酶学修饰确定的抗原决定簇的特性
6 其他经常使用的免疫学分析方法
方案10 间接DAS-ELISA
7 抗体的提供及其商业发展
第十一章 丝状真菌的功能基因组分析
1 构建稻瘟病菌突变子库
2 目标突变技术
3 cDNA文库构建及测序分析
方案1 构建附着胞cDNA文库的cDNA的合成
4 cDNA文库构建及筛选
方案2 cDNA文库构建
方案3 质粒pTriplEx2的插入片段的验证
5 抑制差减杂交技术
方案4 稻瘟病菌附着胞SSF{差减文库的构建
6 丝状真菌细胞自噬及其研究方法
方案5 稻瘟病菌中细胞自噬研究方法
方案6 稻瘟病菌细胞自噬研究中的其他相关显微观察
方案7 双分子荧光互补技术
方案8 蛋白质电泳(Tricine-SDS-PAGE)及蛋白质印迹杂交
方案9 酵母双杂交系统研究蛋白互作
方案10 细胞表达目的蛋白
7 真菌中结合PCR(Double-Joint PCR)基因融合片段操作
8 真菌RNAi技术的应用
第十二章 丝状真菌分子进化与系统发育分析
1 概述
2 系统发育分析方法
方案1 木霉菌的ITS rDNA的PCR扩增
方案2 木霉菌的tef 1-α基因的PCR扩增
方案3 木霉菌进行RAPD研究
方案4 AFLP技术
3 构建系统发育树
第十三章 丝状真菌群体遗传分析
1 纯培养条件下真菌群体遗传分析
方案1 Pot2-rep-PCR
方案2 MGR586-RFLP
2 免培养技术用于环境中真菌群体的遗传结构分析
方案3 土壤真菌DNA的直接提取
方案4 土壤样品中真菌总DNA的提取
第十四章 真菌分子生物信息学常用软件的使用
1 概述
2 文件格式
3 FASTA格式
4 Tab(或其他分隔符)分隔的行文件
5 BLAST
6 Primer Premier 5
7 e-PCR
8 Clustal
9 BioEdit
10 Staden Package
参考文献
Language: Chinese
ISBN/ISSN: 9787030290106
Published on: 2010-01
Soft Cover
真菌是真核生物的重要研究模式，广泛应用于真核细胞生命活动机制的基础研究中。真菌也是生态系统中的重要组成部分，还是重要的生物资源，在医药、轻工、环保、食品、农业等领域应用广泛，开发前景广阔。本书在总结近年来真菌分子细胞生物学研究的最新成果基础上，着重介绍真菌分子细胞生物学研究中的常用技术，有针对性地提出了真菌分子细胞生物学研究的技术原理和方案。全书分为14章，主要内容包括：真菌基因型的鉴定与特征分析、核酸的分析、真菌遗传转化、功能基因组学、生化与免疫方法、分子系统学及生物信息学常用软件等。本书可以作为高等院校真菌学相关课程的教材，也可以作为高等院校和科研院所真菌研究者在分子细胞生物学研究方面的参考书。
前言
第一章 丝状真菌基因型特征的鉴定
1 概述
2 基因组变异的主要特征
3 确定研究目的
4 用于基因组分析的技术
5 假设
6 选择最佳策略
方案1 链格孢真菌的RAPD分析
7 AFLP技术的原理及其应用
方案2 丝状真菌的AFLP分析
方案3 丝状真菌的cDNA-AFLP
8 变性梯度凝胶电泳(DGGE)
方案4 土壤中真菌的DGGE分析
9 重要的数据库和互联网资源
第二章 丝状真菌核酸的提取与分析
1 概述
2 基因组DNA的分离
方案1 CTAB法提取真菌基因组DNA
方案2 氯化苄(benzyl chloride)法提取真菌基因组DNA
方案3 丝状真菌总DNA的分离
方案4 固体平板上菌小量DNA的块速提取(以稻瘟病菌为例)
方案5 真菌小量DNA的快速提取
3 丝状真菌RNA的提取
4 RNA的操作
方案6 Trizol法提取丝状真菌总RNA
方案7 丝状真菌总RNA的提取
方案8 真菌总RNA的小量提取(Trizol法)
第三章 丝状真菌的DNA转化
1 概述
2 选择性标记和转化载体
3 待转化DNA的质量
4 DNA的进入
5 REMI转化
方案1 稻瘟病菌(Maggna porthe grisea)原生质体的制备及转化
方案2 毛壳菌原生质体的制备
6 真菌ATMT转化
方案3 感受态农杆菌细胞的制备与转化
方案4 利用农杆菌转化真菌
7 电击转化
方案5 Tapesia yallundae的电击转化
8 转化DNA的命运
方案6 丝状真菌中的质粒拯救
方案7 农杆菌电击转化感受态的制备与转化
第四章 丝状真菌的遗传分析
1 子囊菌遗传分析
方案1 对真菌孢子进行化学诱变
方案2 对真菌的孢子进行紫外诱变
方案3 营养缺陷型突变体的筛选与鉴定
方案4 温度敏感型突变群体的制备
方案5 单孢分离
方案6 构巢曲霉的八分体分析
方案7 通过准性重配确定里连锁群
方案8 稻瘟病菌温度敏感型突变体的筛选
2 担子菌遗传分析
方案9 鬼伞菌在人工培养条件子实体和担孢子的产生
方案10 通过CHEF凝胶电泳分离C.cinereus的染色体
方案11 C.cinereus的四分体分离
方案12 C.cinereus粉孢子的紫外诱变
方案13 利用NT、G(MNNG)/EMS对担子菌进行诱变
方案14 平板印迹
附：担子菌研究中的标准培养基
第五章 丝状真菌的基因组分析
1 概述
2 遗传图谱
方案1 克隆固定大小的基因组DNA作为RFLP探针
方案2 RAPD操作要点
3 电泳核型分析
方案3 琼脂糖栓中制备完整染色体DNA
方案4 琼脂糖栓电泳
方案5 钳位均匀电场电泳
4 物理图谱
方案6 染色体DNA的RecA-AC
方案7 准备BAC载体DNA
方案8 准备BAC插入DNA
方案9 BAC插入DNA大小的选择，恢复和克隆
方案10 将文库克隆排列到杂交膜上
方案11 收集克隆文库
5 筛选文库
方案12 Southern杂交分析混合文库和克隆阵列文库
6 染色体步移(chromosome walking)
方案13 BAC或者黏粒末端RNA探针的合成
方案14 根据插入片段末端序列制备的探针
7 真菌基因组分析相关数字资源
第六章 真菌发育过程的细胞学分析
1 概述
2 丝状真菌生长的测定
方案1 菌丝顶端生长的测定
方案2 菌落生长速度的测定
方案3 直线生长速率的测定
3 丝状真菌孢子的萌发
方案4 真菌孢子的萌发测定
4 稻瘟病菌细胞生物学分析
方案5 稻瘟病菌产孢培养、孢子收集和附着胞诱导培养
方案6 稻瘟病菌侵染过程的组织病理学观察
方案7 稻瘟病菌孢子、附着胞内脂质体、糖原的观察
方案8 细胞自噬现象的观察
方案9 酒精氧化酶活性测定
方案10 冷冻替代用于电子显微镜观察
方案11 细胞核，细胞壁和隔膜的染色
第七章 丝状真菌的信号传导
1 概述
2 蛋白抽提
方案1 构巢曲霉(Aspergillus nidulans)蛋白激酶的抽提
3 蛋白免疫沉淀反应
方案2 NIMA在大肠埃希菌(E.coli)中的表达和His-tag亲和纯化
方案3 蛋白质免疫沉淀(IP)
4 凝胶阻滞试验(gel-shift assay)检测蛋白的磷酸化状态
方案4 NIMA磷酸化状态的凝胶忸滞试验
5 蛋白激酶的底物特异性分析
方案5 NIMA激酶分析
第八章 丝状真菌的细胞生物学技术
1 电子显微镜工作原理及其应用
2 扫描电子显微镜样品制备的原理与方法
3 透射电子显微镜样品制备的原理与方法
4 电镜细胞化学技术
5 免疫组化技术
第九章 丝状真菌的生化研究方法
1 概述
2 抽提物的准备
方案1 菌丝的摇瓶培养
方案2 疏水蛋白的分离
3 细胞组分的准备
方案3 细胞膜的分离
方案4 脉孢霉的液泡分离
方案5 线粒体的分离
方案6 细胞核的分离
方案7 细胞核的抽提
方案8 微体的分离
4 蛋白分析
方案9 孢子和菌丝的小量的蛋白质抽提
方案10 从固体培养物中分离胞外酶(N.crassa的脂肪酶)
方案11 从新鲜菌丝分离细胞内蛋白，适用于蛋白水解敏感蛋白的方法
方案12 从新鲜菌丝分离细胞内蛋白
方案13 从冻干菌丝分离胞内蛋白
方案14 酶学分析的代谢物抽提
第十章 真菌研究中的免疫学方法
1 概述
2 免疫原分子的特性
方案1 免疫抗原的准备
3 制备多克隆抗血清
方案2 用辛酸和硫酸铵沉淀法纯化抗体
方案3 用ELISA测定pAb的滴度和检验上清液中的mAb
4 制备单克隆抗体
方案4 通过B细胞-骨髓瘤细胞融合制取鼠科杂种瘤细胞
方案5 荧光免疫检测
方案6 限制性稀释法亚克隆
方案7 冷冻法长期储存的杂交瘤细胞
方案8 应用抗原介导ELISA鉴定Ig类别/亚类
5 蛋白质和糖类抗原决定簇的特性
方案9 通过化学和酶学修饰确定的抗原决定簇的特性
6 其他经常使用的免疫学分析方法
方案10 间接DAS-ELISA
7 抗体的提供及其商业发展
第十一章 丝状真菌的功能基因组分析
1 构建稻瘟病菌突变子库
2 目标突变技术
3 cDNA文库构建及测序分析
方案1 构建附着胞cDNA文库的cDNA的合成
4 cDNA文库构建及筛选
方案2 cDNA文库构建
方案3 质粒pTriplEx2的插入片段的验证
5 抑制差减杂交技术
方案4 稻瘟病菌附着胞SSF{差减文库的构建
6 丝状真菌细胞自噬及其研究方法
方案5 稻瘟病菌中细胞自噬研究方法
方案6 稻瘟病菌细胞自噬研究中的其他相关显微观察
方案7 双分子荧光互补技术
方案8 蛋白质电泳(Tricine-SDS-PAGE)及蛋白质印迹杂交
方案9 酵母双杂交系统研究蛋白互作
方案10 细胞表达目的蛋白
7 真菌中结合PCR(Double-Joint PCR)基因融合片段操作
8 真菌RNAi技术的应用
第十二章 丝状真菌分子进化与系统发育分析
1 概述
2 系统发育分析方法
方案1 木霉菌的ITS rDNA的PCR扩增
方案2 木霉菌的tef 1-α基因的PCR扩增
方案3 木霉菌进行RAPD研究
方案4 AFLP技术
3 构建系统发育树
第十三章 丝状真菌群体遗传分析
1 纯培养条件下真菌群体遗传分析
方案1 Pot2-rep-PCR
方案2 MGR586-RFLP
2 免培养技术用于环境中真菌群体的遗传结构分析
方案3 土壤真菌DNA的直接提取
方案4 土壤样品中真菌总DNA的提取
第十四章 真菌分子生物信息学常用软件的使用
1 概述
2 文件格式
3 FASTA格式
4 Tab(或其他分隔符)分隔的行文件
5 BLAST
6 Primer Premier 5
7 e-PCR
8 Clustal
9 BioEdit
10 Staden Package
参考文献